Befejezte az Állami Számvevőszék a Borsod-Abaúj-Zemplén Megyei Kórház és Egyetemi Oktató Kórház 2011-2014 közötti időszakra kiterjedő ellenőrzését. Az ÁSZ hiányosságokat tárt fel az irányítószervi feladatellátásban, a belső kontrollrendszer kialakítása és működtetése, valamint a vagyongazdálkodás terén, továbbá megállapította, hogy a pénzügyi gazdálkodás nem volt szabályszerű. A központi alrendszer intézményei – köztük a kórházak – meghatározó súlyt képviselnek a közpénzek felhasználásában és az állami vagyonnal való gazdálkodásban.
A miskolci székhelyű Kórház Miskolcon, Mezőkövesden és Szikszón működtet fekvőbeteg ellátást. 2014-ben közel 70 ezer fekvőbeteget láttak el, a rendelőintézetekben az éves betegforgalom meghaladta az 1 millió főt. A Kórház szervezeti felépítése három alkalommal változott, 2011. május 1-jével a Kórházba olvadt a szikszói II. Rákóczi Ferenc Kórház, a miskolci Szent Ferenc Rehabilitációs Kórház, a mezőkövesdi Mozgásszervi Rehabilitációs Központ, valamint az izsófalvai Pszichiátriai Szakkórház és Betegotthon. A Pszichiátriai Szakkórház és Betegotthon 2012. november 1-jével, a Szent Ferenc Rehabilitációs Kórház 2013. november 1-jével kivált a Kórházból. Az irányító szervi hatásköröket 2011. december 31-ig a Borsod-Abaúj-Zemplén Megyei Önkormányzat Közgyűlése (Közgyűlés), 2012. május 13-ig a Nemzeti Erőforrás Minisztérium, majd 2012. május 14-től az Emberi Erőforrások Minisztériuma (EMMI) gyakorolta. Egyes fenntartói, irányítói jogok gyakorlását a Gyógyszerészeti és Egészségügyi Minőség- és Szervezetfejlesztési Intézet (GYEMSZI) vette át, amit 2015. március 1-jétől Állami Egészségügyi Ellátó Központnak (ÁEEK) hívnak.
Az irányítószervi feladatok gyakorlása 2012-2014 között részben felelt meg a jogszabályoknak, ugyanis az alapító okirat módosításához az EMMI miniszter 2014-ben nem kérte meg az államháztartásért felelős miniszter előzetes egyetértését, továbbá a Kórház SZMSZ-e nem tartalmazta az alapító okirat keltét, számát és az alapítás időpontját. A Közgyűlés és a GYEMSZI a hatékony gazdálkodáshoz szükséges követelményeket nem érvényesítette, nem kérte számon és nem ellenőrizte. Az ÁSZ hiányosságokat állapított meg a Kórház belső kontrollrendszerének kialakítása és működése területén. A Kórház 2011-2014 között kötelezettsége ellenére nem tette közzé az éves költségvetéseket. A belső ellenőrzési kézikönyv jogszabályban előírt felülvizsgálatára és módosítására nem került sor, a jóváhagyott éves ellenőrzési tervekben foglalt ellenőrzések végrehajtásáról nem teljes körűen gondoskodtak. A gazdálkodási jogkörök kialakítása megfelelt a jogszabályi előírásoknak, a költségvetési gazdálkodásban a kulcskontrollok működése során azonban hiányosságok voltak.
A Kórház fizetőképessége – figyelemmel a lejárt szállítói tartozások nagymértékű növekedésére – a 2013-2014. években nem volt biztosított, a pénzügyi egyensúly a Kórház által hozott takarékossági intézkedések és az esetenként kapott pótlólagos támogatás révén volt fenntartható. A lejárt szállítói állomány nagysága és összetétele jelentősen változott, 2014 végére 332,3 millió Ft-tal (41,7%-kal) növekedett az előző évhez képest. A bevételi és kiadási előirányzatok módosítása, és a gazdálkodási jogkörök gyakorlása nem felelt meg az előírásoknak. A közbeszerzési szabályok betartása a Kórháznál nem volt megfelelő, mivel az értékhatárt elérő dologi és dologi jellegű, illetve felhalmozási kiadásoknál több esetben előfordult, hogy a jogszabályban előírtak ellenére elmaradt a közbeszerzési eljárás lefolytatása. A vagyonkezelési szerződés tartalma részben volt megfelelő, módosítására nem minden esetben került sor határidőben. A mérlegben kimutatott eszközök és források nyilvántartása megfelelt, értékelése azonban ‒ a követelések után elszámolt értékvesztések hiányosságai miatt ‒ részben felelt meg a jogszabályi előírásoknak. A Kórház a leltározási szabályzatában meghatározott eszközcsoportok két évenkénti mennyiségi leltározásához nem kérte a felügyeleti szerv egyetértését. A vagyonelemek hasznosítása során 2012-2014 között az átláthatóság jogszabályi követelményének érvényesüléséről nem győződött meg, a bérleti szerződésekben a jogszabályban előírt követelményeket nem szerepeltette.
Az ÁSZ az emberi erőforrások miniszterének három, az ÁEEK főigazgatójának kettő, és a Kórház főigazgatójának huszonegy javaslatot fogalmazott meg, amelyekre 30 napon belül intézkedési tervet kell készíteniük.
